（一）办公室主要职责：负责机关政务工作；负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作，承担信访、议案、建议、提案、安全、保密、政务信息、政府信息公开、人事、队伍建设、退休人员管理等工作。

（二）财务科主要职责：承担财务、资产管理等工作。

（三）综合科（督查科）主要职责：组织起草区域生态环境政策、规划，协调和审核生态环境专项规划。实施生态环境保护目标责任制，拟订并组织实施生态环境保护年度目标和考核计划。负责本区中央、北京市生态环境保护督察整改工作的综合协调；组织开展对本区各部门、街镇生态环境保护工作任务落实督查工作。

（四）环境科技信息科主要职责：组织协调实施应对气候变化和温室气体减排的规划、政策、措施及控制温室气体排放目标考核等工作；参与促进循环经济和生态环保产业发展，负责信息化相关工作。

（五）大气环境科主要职责：负责拟订本区大气污染防治的规划、计划和措施，并组织实施；落实北京市有关大气污染防治工作。

（六）水和土壤生态环境科主要职责：负责本区土壤、地表水、地下水生态环境监督管理；会同有关部门落实本区重点流域、饮用水水源地生态环境规划和水功能区划，草拟本区相关文件，并监督实施。

（七）自然生态科（辐射安全管理科）主要职责：指导、协调、参与监督本区对生态环境有影响的自然开发活动等工作；组织落实生物多样性保护等工作；承担监督指导农业面源污染治理及农村环境保护相关职责。负责本区辐射安全监督管理。

（八）污染源管理科（安全生产科）主要职责：负责污染源综合管理，组织开展环境统计、污染源普查等工作。

（九）行政审批科（法制科）主要职责：负责本局行政审批项目的统筹、协调工作，组织实施建设项目环境保护设施同时设计、同时施工、同时投产使用制度；负责全局依法行政工作。

（十）机关党委主要职责：具体承担中共北京市丰台区生态环境机关委员会的日常工作。

（十一）生态环境综合执法大队主要职责：负责集中行使法律、法规、规章规定的污染防治、生态保护、机动车排放、辐射安全等领域的行政处罚权以及与之相关的行政检查、行政强制权。负责全区相关领域重大疑难复杂案件查处等工作。

（十二）生态环境监测站主要职责：负责辖区内环境质量和环境要素的监测及分析；负责编制丰台区年度生态环境状况公报、年度生态环境质量报告书；负责辖区污染源的监督性监测、突发污染事件应急监测等相关监测工作。

（十三）生态环境污染源监理中心主要职责：负责污染防治的综合研究以及污染源综合管理等工作。