南苑街道原为元、明、清三代皇家苑囿，周垣60公里。多为湖泊、沼泽，是辽、金皇帝“捺钵”、“春水”（围猎天鹅、大雁等大型水禽）之地。元代承前朝习俗，称“飞放”，将围猎天鹅的湖泊称“飞放泊”。当时大都郊外有多处飞放泊，因该处离皇城很近，故名其为“下马飞放泊”。建有晾鹰台、幄殿。明永乐十二年（1414）皇帝朱棣颁旨扩展并修葺下马飞放泊。建苑墙，豢养麋鹿、黄羊等禽兽，成为皇家围猎、练兵的苑囿。苑内有三座较大的海子（湖泊），为有别于禁城之北的海子，故称其为南海子。清代因之，并重加修葺，更名南苑，属内务府奉宸苑。1900年，八国联军入侵，苑囿遭严重破坏。清廷无力复建，遂荒废，并于1902年成立“南苑督办垦务局”，出售“龙票”，招佃垦荒。1905年北洋第六镇进驻南苑“万字地”（即今南苑机场处），建南苑兵营。1913年，北洋政府在南苑兵营的西南侧，建中国第一所航空学校，并辟飞机场。民国三年（1914），顺天府改为京兆地方，辖20县，大兴县为其首县。南苑划归大兴县管辖。驻军的消费吸引大量商贩，在营门外形成营市街，为最初的南苑镇。1937年伪大兴县政府由大红门奉宸苑官署房迁至南苑镇自强小学（今新华路第二旅馆）。曾设为南苑市。1948年12月17日，南苑镇解放，冀中10地委、10专署在此设南苑市。1949年初撤销市建制，恢复镇建制，划归北平市南苑区。1949年4月改为北平市第二十三区，6月3日与十五区合并为北平市十四区，9月北平改北京，故改为北京市第十四区。1950年8月改为第十一区，1952年改为南苑区。1949年至1958年，南苑镇一直为区政府驻地。先设镇公所，后改镇人民政府。1954年5月，南苑镇政府改为南苑镇办事处，1958年6月撤销南苑区建制，南苑镇办事处划归丰台区。1958年8月并入南苑人民公社。1960年划出，成立南苑城市人民公社。1966年5月恢复南苑镇（街道）办事处。1990年改为南苑街道办事处。2021年5月18日丰台区行政区划分调整，撤销南苑乡（地区办事处），部分辖区划入南苑街道，并变更南苑街道办事处辖区范围，将马家堡街道南四环中路以南区域划入，南苑街道办事处驻槐房路66号。