北宫镇原名为长辛店镇。历史上长辛店地名由来较为复杂，明代形成长店和新店2个村落，设有官府驿站。明末，长店和新店连接一起，称长新店，清代光绪年间改称为长辛店。清《光绪顺天府志》记宛平县西南“四十五里长新店”。清代，逐渐形成长新店商贸繁华地段“五里长街……”。商家为保持清洁环境，每天在街上泼水，防止尘土飞扬，因此人们称这里是“常新”。以后，在民国时期的地图上，“长新店”为笔画减少的“长辛店”。

明清时期长辛店镇隶属于顺天府宛平县，西部大灰厂属于房山县。民国初年，改隶京兆尹宛平县。1928年北京改为北平特别市，原京兆地方所属的各县一律划归河北省。长辛店镇为宛平县2区驻所，宛平八镇之一。1937年后，因宛平县署遭到战火毁坏，宛平县署迁址到镇中的老爷庙。1948年仍属河北省宛平县，同年底，属北平市长辛店区。1948年12月长辛店镇解放，更名为北平市第十八区。1949年1月成立长辛店镇公所，1949年改为北平市第二十六区，同年6月，改为十八区。1950年6月，长辛店设镇政府。1950年成立张郭庄农业生产合作社，1953年4月更名为张郭庄中捷友好农业生产合作社。1956年长辛店地区两个乡，一个镇，分别组成了张郭庄农业生产合作社（中捷友好农业生产合作社）、赵辛店红五月农业生产合作社、长辛店镇农业生产合作社。此时镇域有张郭庄乡、赵辛店乡、长辛店镇。1958年原良乡县南岗洼乡、魏各庄乡并入丰台区，与张郭庄乡、赵辛店乡和长辛店镇组成长辛店人民公社。1960年长辛店镇从长辛店人民公社划出，由长辛店镇城市人民公社（长辛店街道前身）管理；农村由长辛店人民公社管理。1961年5月，将长辛店人民公社一分为二，一是张郭庄、长辛店两个大队组成长辛店中捷友好人民公社（长辛店人民公社），二是魏各庄、南岗洼两个大队组成王佐人民公社。1983年政企分开，人民公社改为农村办事处，同时建立长辛店农工商联合总公司。1984年长辛店农村办事处改为长辛店乡人民政府。办公地点设在张郭庄村。1992年长辛店乡人民政府下辖9个行政村公所，长辛店农工商联合总公司下辖9个分公司、6个专业公司，办公地点同在张郭庄村。2002年2月27日长辛店乡人民政府改为长辛店镇人民政府。2021年4月，按照《北京市民政局关于同意丰台区部分行政区划变更的批复》(京民划函〔2020〕189号)，长辛店镇更名为北宫镇。